Cuando añades una partial class a una clase «Linq to SQL» de LINQ tienes todos los números que en un momento u otro acabe saliendo un error «‘MSLinqToSQLGenerator’ failed. Unspecified error» ¡incluso aunque tengas instalado el SP1 de Visual Studio 2008!. Gracias a éste enlace pude solucionar el problema.

1º paso: los using debe estar dentro del «namespace». Es decir de esto:

using System.Linq;
using System.Collections.Generic;
using System.Data;

namespace SIRAMcenter.Datos.Plugins
{
 partial class PluginInstanceDataContext
 {
   public IEnumerable GetNombreClasePluginsNoIControl(int idCentro)
   {

debes pasar a esto:

namespace SIRAMcenter.Datos.Plugins
{
 using System.Linq;
 using System.Collections.Generic;
 using System.Data;

 partial class PluginInstanceDataContext
 {
   public IEnumerable GetNombreClasePluginsNoIControl(int idCentro)
   {

2º paso: Ejecutar explicitamente la herramienta personalizada(MSLinqToSQLGenerator) de nuevo:

3ºpaso: limpia el proyecto y vuelve a compilar.

LINQ por defecto utiliza la consulta diferida. Cuando «navegamos» entre las clases de un LINQ to SQL (.dbml) éste en background va generando las consultas y de este modo nos ahorramos consultas inutiles.

El problema viene cuando queramos devolver una clase que forma parte de un .dbml como resultado de un método marcado como [OperationContract].

Es necesario modificar el comportamiento por defecto de consulta diferida a una consulta forzada. Ejemplo:

PluginInstanceDataContext pluginsContext =  new PluginInstanceDataContext();

var orderloadOption = new System.Data.Linq.DataLoadOptions();
DataLoadOptions dlo = new DataLoadOptions();
dlo.LoadWith(p => p.PluginParametro);
dlo.LoadWith(p => p.PluginTipoControl);
pluginsContext.LoadOptions = dlo;

var consulta = from plugins in pluginsContext.Plugin
                    where plugins.IdCentro == idCentro
                    select plugins;

Sino lo hacemos así nos encontraremos que las «clases hijas» no contienen datos.

Si quieres hacer algo como esto en LINQ:

var query =  
  db.Customers.Where("City = @0 and Orders.Count >= @1", "London", 10).
  OrderBy("CompanyName").Select("new(CompanyName as Name, Phone)");

Lo llevas claro, porque.NET no permite realizar LINQ dinámico. Para solucionarlo existe una librería que añadiéndola a tu proyecto podrás hacer cosas como la del ejemplo.
Para descargar la librería y unos ejemplos éste es el enlace o este.

Referencias
Dynamic LINQ(Parte 1: Usando la librería de LINQ Dynamic)

En esta dirección podeis encontrar una lista de artículos muy interesantes sobre cómo diseñar consultas LINQ.