Hay que escribir el script para que ISAPI_Rewrite traduzca la URI.

aquí una ayuda mas extensa que la proporcionada por el programita.

mas ayuda: aqui

Un posible script es este (el que recomienda CodeIgniter):

RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^(/index\.php/img/js/css/robots\.txt/favicon\.ico)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]

En mi caso hice una pequeña modificación ya que tenia instalado la Web en un path virtual,
es decir que para acceder a la página «productos» se hace mediante:

http://localhost/cigniter/index.php/productos

El script quedaria así:

RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^(/index\.php/img/js/css/robots\.txt/favicon\.ico)
RewriteRule ^(.*)$ cigniter/index.php/$1 [L]

Ahora para acceder a la página escribimos:

http://localhost/productos

Ojo, esto no seria correcto:

http://localhost/cigniter/productos

Ya que el script mediante el parámetro $1 pasa toda la ruta completa y entonces no funcionaria, ya que traduciria la anterior URI por esta:

http://localhost/cigniter/index.php/cigniter/productos

Ojo al parche con esta línea:

RewriteCond %{REQUEST_URI} !^(/index\.php/img/js/css/robots\.txt/favicon\.ico)

Indica que por ejemplo las siguientes URI nos las procese (es decir no las traduzca):

http://localhost/img/micasa.jpg
http://localhost/css/micss.css
etc..

por lo que es posible que nos interesa modificarla para adpatarla a nuestras necesidades.