Si tienes IIS en un Windows 64 bits y necesitas ejecutar una aplicación que es para 32 bits. No hay problema, sigue estos pasos.
Habilitar aplicaciones de 32 bits en IIS7
1. Abre el administrador de Internet Information Services (IIS). Lo puedes encontrar en el panel de herramientas administrativas. Una vez dentro, vete a Conexiones y haz click en Grupos de aplicaciones
2. En el panel de la derecha selecciona el grupo de aplicaciones que necesites.
3. Finalmente haz click en Configuración avanzada y cambia la opción Habilitar apllicaciones de 32 bits a True