Cuando añades una partial class a una clase «Linq to SQL» de LINQ tienes todos los números que en un momento u otro acabe saliendo un error «‘MSLinqToSQLGenerator’ failed. Unspecified error» ¡incluso aunque tengas instalado el SP1 de Visual Studio 2008!. Gracias a éste enlace pude solucionar el problema.

1º paso: los using debe estar dentro del «namespace». Es decir de esto:

using System.Linq;
using System.Collections.Generic;
using System.Data;

namespace SIRAMcenter.Datos.Plugins
{
 partial class PluginInstanceDataContext
 {
   public IEnumerable GetNombreClasePluginsNoIControl(int idCentro)
   {

debes pasar a esto:

namespace SIRAMcenter.Datos.Plugins
{
 using System.Linq;
 using System.Collections.Generic;
 using System.Data;

 partial class PluginInstanceDataContext
 {
   public IEnumerable GetNombreClasePluginsNoIControl(int idCentro)
   {

2º paso: Ejecutar explicitamente la herramienta personalizada(MSLinqToSQLGenerator) de nuevo:

3ºpaso: limpia el proyecto y vuelve a compilar.