Para la gestion de proyectos para .NET, Microsoft ofrece TFS que aparte de venir de «serie» con un sistema de control de versiones ofrece muchas mas cosas y por lo visto es lo que Microsoft esta potenciando.

Si sólo necesitas control de versiones puedes optar por Visual Source Safe que es compatible con VS 2005 y 2008, aunque por lo visto Microsoft lo esta dejando algo de lado y me apostaria que a la larga dejara de dar soporte.

Otro sistema es CVS o subversion, que son software libre, existen plugins para VS 2005 y 2008, como AnkhSVN, tortoise o uno de pago pero mas completo que se llama visualsvn, en este enlace el autor explica su experiencia.